Анапа имела важное стратегическое положение и в годы Великой Отечественной войны. В 1942 году Анапа была захвачена немцами и полностью разрушена. Целый год город находился в оккупации. На анапской земле действовали партизанские отряды численностью около 400 человек. После освобождения Анапа было приложено огромное количество сил, чтобы его восстановить.
Указом Президента Российской Федерации от 5 ноября 2011 года городу Анапа присвоено почётное звание «Город воинской славы».